Si se observan consultas que demoran mucho tiempo con:

SELECT data_free FROM tables WHERE ENGINE = 'InnoDB' LIMIT 1

Deberá eliminar la comprobación InnoDB y reiniciar el servicio de Munin

rm /etc/munin/plugins/mysql_innodb
service munin-node restart

Pudiendo automatizar el proceso colocándolo en /scripts/postupcp

if [-f'/etc/munin/plugins/mysql_innodb']; then

        /bin/rm -f /etc/munin/plugins/mysql_innodb
        /sbin/service munin-node restart
fi